Znalazłem prosty sposób na porównywanie plików między serwerem a plikami lokalnymi - podpięcie WinMerge.
http://articlebin.michaelmilette.com/adding-winmerge-to-winscp-to-compare-local-and-remote-files/
Sam takiego czegoś kiedyś szukałem, może się komuś przyda.
Ednet