Nie wiem co robiłeś źle, ale przed chwilą zrobiłem taką instalacje i nie miałem najmniejszych problemów.
#debian stretch
apt install mariadb-server mariadb-server-core-10.1
apt install pdns-server pdns-backend-mysql
Schemat bazy to /usr/share/doc/pdns-backend-mysql/schema.mysql.sql
poweradmin wymaga trochę rozbudowanego schematu ale przy instalacji dodaje swoje tabelki do bazy.
Testowane w DC-DE i CD-FR