Autorski CMS ma też swoje wady, albo jesteś uzależniony od jednej firmy (monopol jest z reguły drogi), albo płacisz programiście za poznanie kodu jak potrzebujesz wprowadzić jakieś zmiany. Teoretycznie powinien być bezpieczniejszy, ponieważ nikomu nie będzie opłacało się szukać dziury dla małoznanego CMSa.