Ja osobiście też dodam parę groszy od siebie, jako że korzystałem z obydwu.
Apache jest na 100% prostszy w konfiguracji, do tego przynajmniej na tą chwilę posiada większy support w postaci tutoriali czy paneli. Nginx jest dosyć nowym rozwiązaniem, może nie pod kwestią samego roku wydania, ale statystyk używalności jednego i drugiego.
Jeśli mówimy o plikach statycznych to wg mojej skromnej opinii nginx wygrywa z apachem. Zresztą właśnie to było jedno z głównych założeń jego produkcji - pliki statyczne i proxy. Nie robiłem jakiś dokładnych benchmarków, ale prosta strona bazująca na htmlu i css'ie ładowała się szybciej na nginxie.
Teraz przejdźmy do PHP. Tak naprawdę opcji jest wiele - na samym apache'u najprostszą metodą jest mod_php, jest to rozwiązanie bardzo dobre wyłącznie dla niewielkich serwisów. Tak naprawdę jak już moi poprzednicy dobrze napisali mod_php jest na 100% szybszy od innych rozwiązań, ale zżera za dużo zasobów, przede wszystkim ramu i działa o wiele wolniej gdy ma przetworzyć dużą ilość żądań na raz. Resztę opcji wspiera zarówno nginx jak i apache. Osobiście sądzę, że najlepszym rozwiązaniem jest dobrze skonfigurowany nginx z parsowaniem skryptów php do php-fpm. Jest to po pierwsze dość łatwe w konfiguracji (tak naprawdę parę linijek do configu), a efekty są bardzo ładne. Dodatkowo dla fanatyków security można odpowiednich workerów zarówno nginxa jak i php-fpm bardzo ładnie oddzielić chrootem od reszty, przez co user nie jest tak naprawdę w stanie wyrządzić szkody na maszynie. Tu mnie pewno wiele innych osób poprawi, że "na innych też się tak da", ale osobiście sądzę, że jest to najlepsze rozwiązanie .
Podsumowując. Jak ja bym zrobił -
Strona z plikami statycznymi - nginx
Strona PHP z małą ilością odwiedzin - apache + mod_php
Strona PHP z większą ilością odwiedzin - nginx + php-fpm
W ostatnim punkcie jeszcze można eksperymentować z chociażby apache'm + (Fast)CGI, ale mod_php omijać szerokim łukiem.
Co do .htaccess to większość zarówno darmowych, jak i komercyjnych aplikacji ma w konfiguracji podane rewrite'y dla nginxa, jeśli nie mają to zawsze znajdzie się jakieś amatorskie na googlu, a jeśli nawet takowych nie ma to nie jest to jakiś większy problem je przepisać .
Jeśli chodzi o konfigurację nginx + apache to nie jest to najgorsze rozwiązanie, aczkolwiek ja je uważam za całkowicie zbędne. Nginx z php-fpm działa teoretycznie na identycznej zasadzie jak nginx + apache z php.