Jesli nie używa się "prepared statements", czyli prekompilowanych sekwencji SQLowych to nie powinno być zasadniczo kłopotów z migracją. Należy pamiętać, że format haseł się zmienił, więc trzeba uruchomić odpowiedni skrypt.
PHP z libmysqlclient w wersji 4.1 może mieć kłopoty z bazą 4.0 ze względu na format hasła.
Niedawno zmieniałem 4.0 na 4.1 u siebie na serwerze i przeszło w miarę bezboleśnie, aczkolwiek najpierw zrobiłem pełen zrzut bazy danych (mysqldump), wykreowałem nowe struktury w 4.1 i załadowałem bazę ze zrzutu.